沿革
1993年 春季
現 関甲新学生野球連盟発足 所属17チーム 3部制にてリーグ戦を開始
1997年 春季
平成国際大学が加盟 所属18チーム
2000年 春季
敬和学園大学が脱退 所属17チーム
2002年 秋季
松本大学が加盟 所属18チーム
2007年 春季
新潟産業大学が脱退 所属17チーム
2009年 春季
群馬パース大学が加盟 所属18チーム
2009年 秋季
東京福祉大学が加盟 所属19チーム
2011年 春季
長野大学が脱退 所属18チーム
2013年 秋季
新潟医療福祉大学が加盟 所属19チーム
2014年 秋季
リーグ運営方式を変更
地区予選リーグ（3地域：群馬・新潟／埼玉・栃木・茨城／山梨・長野）と予選からの勝ち上がり代表による決勝リーグ（6チーム）の2段階のリーグ戦を経て優勝校を決定する。
2015年 春季
リーグ運営方式を以前の3部リーグ方式に再変更
2017年 春季
長野大学が再加盟 所属20チーム
2020年 春季
東京福祉大学が脱退 所属19チーム
2021年 春季
1部10チーム、2部9チームに再変更
2024年 春季
日本ウェルネススポーツ大学茨城キャンパスが加盟 所属20チーム
2025年 春季
帝京科学大学が加盟 所属21チーム
2026年 春季
新潟医療福祉大学、新潟大学が南東北大学野球連盟に移籍。1部リーグが8チームにて実施。